As amigdalites, inflamações nas amígdalas, podem ser virais ou bacterianas. As bacterianas são tratadas com antibióticos. As virais, por sua vez, com o uso de analgésicos e anti-inflamatórios até que haja uma resolução espontânea do quadro. Aquelas de repetição, em alguns casos, podem requerer o procedimento de amigdalectomia.
A principal indicação da amigdalectomia para a população infantil, no entanto, está relacionada aos casos de hipertrofia, quando amígdalas de tamanhos muito grandes ocasionam dificuldade na respiração, provocando respiração oral (pela boca), ronco e apneia do sono. As amígdalas com tamanho aumentado também acabam por prejudicar a fala e a alimentação das crianças, ocasionando dificuldade para comer alimentos sólidos.